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In der Medizin werden ausschließlich die Früchte des Fenchel verwendet, die umgangssprachlich auch als Samen bezeichnet werden.
Krampflösende Wirkung bei Verdauungsbeschwerden, schleimlösend bei Husten und Bronchitis, fördert die Milchbildung in der Stillzeit.
Bei stillenden Müttern regt das Trinken von Fencheltee die Milchbildung an. Fencheltee oder -honig hilft Kindern bei Blähungen.