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Die Samen des indischen Flohsamenkrautes werden bei der Behandlung von Störungen des Verdauungstraktes eingesetzt. Sie werden vorher getrocknet, auch die Schalen werden verwendet. Flohsamen helfen bei Verstopfung und bei Krankheiten, die einen weichen Stuhl erfordern. Eine senkende Wirkung bei erhöhten Cholesterinwerten ist wissenschaftlich gut belegt. Sie binden Wasser und müssen daher mit Flüssigkeit eingenommen werden, mindestens im Verhältnis 1:10.
Flohsamen sollte nicht zusammen mit Milch eingenommen werden, weil er dann nicht quillt.